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副部级大学总共31所，分别是北京大学、清华大学、中国人民大学、北京理工大学、北京航空航天大学、北京师范大学、中国农业大学、北京医科大学、中国科技大学、复旦大学、上海交通大学、西安交通大学、哈尔滨工业大学、西北工业大学、南京大学、浙江大学、南开大学、天津大学、武汉大学、四川大学、中山大学、吉林大学、大连理工大学、同济大学、东南大学、厦门大学、中南大学、华中科技大学、重庆大学、山东大学、兰州大学、西北农林科技大学。
补充资料：
副部级大学（中管高校），即中共中央直接管理的高校，其党委书记、校长职务均列入《中共中央管理的干部职务名称表》，为中管干部。中管高校党委书记、校长均为副部长级。普遍认为“副部级大学”是当前国内最顶尖的大学。这些高校的校长、书记等高层领导由中共中央、国务院联合任命，而非通常由国家部委或省级人民政府任命。副部级大学是中央直管高校的民间俗称，一般地，国内公立普通本科高校都是正厅级单位。其中一些高校由于自身实力得到中央认可，其党委书记和校长高配为副部级，由中共中央直接管理。这些高校的常务副书记和常务副校长为正厅级。
在42所国家“双一流”世界一流大学建设高校中，除了中国海洋大学、中央民族大学、华南理工大学、电子科技大学、东北大学、湖南大学、华东师范大学、郑州大学、云南大学、新疆大学这10所高校外，其余高校的校长、书记由中共中央、国务院联合任命，中央组织部传达；其余的中央部属高校由教育部任命校长、书记。
中国人民解放军国防科技大学为中国共产党中央军事委员会直属院校，对应地方行政级别为副部级。
